Urmite une ancienne de l'UCAD championne du monde des bactéries

Têtes chercheuses. La Nigérienne Maryam Tidjani Alou (à gauche) et la Sénégalaise Sokhna Ndongo au laboratoire de bactériologie-virologie de Didier Raoult, par ailleurs éditorialiste au « Point », à l’hôpital de la Timone, à Marseille, le 26 octobre.

« Sokhna, Sénégal, 50. Maryam, Niger, 30. Le Sénégal gagne ! » s’exclame le professeur Didier Raoult à l’entrée de deux jeunes femmes dans son bureau. Curieuse présentation. Si l’une peut avoir 30 ans, l’autre ne peut en avoir 50. Il ne doit pas non plus s’agir des résultats d’un match de rugby entre les deux pays. Non. « C’est le nombre de bactéries qu’elles ont chacune découvertes. Sokhna est championne du monde de l’isolement de bactéries chez l’homme, juste devant Maryam, deuxième record », s’amuse le microbiologiste qui dirige l’Unité de recherche en maladies infectieuses et tropicales émergentes (Urmite), à Marseille.

Sokhna Ndongo, 29 ans, née d’un père ouvrier et d’une mère au foyer, a quitté son Sénégal natal il y a cinq ans pour faire ses études au Maroc, où elle a obtenu un master en parasitologie, avant d’enchaîner avec un second à Limoges et enfin débarquer dans la cité phocéenne en 2014. Sa camarade, Maryam Tidjani Alou, 28 ans, est native de Bordeaux. À 4 ans, son père décide de rentrer au Niger pour participer à la construction de son pays, sa mère, jamaïquaine, et toute la famille le suivent. C’est un couple de chercheurs, la mère en littérature comparée et le père en sciences politiques. Après le bac, Maryam Tidjani Alou rentre en France et se prend de passion pour les bactéries pendant un master à l’université de Bordeaux. C’est décidé, elle aussi sera chercheuse. Elle rejoint l’Urmite pour explorer le microbiote intestinal. Si la jeune femme s’est mise sur son 31 pour arpenter les couloirs de la faculté, c’est qu’elle présente sa thèse le jour même.

200 nouvelles bactéries

Nos deux chercheuses cosignent un article cette semaine dans la revue Nature Microbiology (1), dont Jean-Christophe Lagier est premier auteur, avec l’équipe de Raoult. « Avec ce papier, on augmente de 10 % le répertoire connu des bactéries humaines depuis le XIXe siècle grâce à la découverte de plus de 200 espèces de bactéries entièrement nouvelles isolées à partir du microbiote digestif ! Et on double le nombre de bactéries intestinales qu’on était capables de cultiver en laboratoire en passant d’environ 500 à 1 000. Tout ça en un seul travail ! » vante Raoult.

L’étude ne devrait pas passer inaperçue dans le monde de la recherche sur le microbiote intestinal, en ébullition ces dernières années. Car si, avant les années 2000, l’exploration du microbiote humain passait forcément par la culture en laboratoire, avec l’avènement des techniques de séquençage haut débit et la métagénomique, la culture a été progressivement abandonnée, trop compliquée. Seulement voilà, bien qu’elle ait révolutionné la compréhension des relations entre le microbiote intestinal humain, la santé et les maladies, « la métagénomique est un travail qui bute contre de l’ignorance, et ses résultats sont rarement reproductibles », peste Raoult. En effet, elle permet de détecter l’ADN de bactéries sans même les posséder physiquement, mais elle génère aussi de la « matière noire ». Un nombre incalculable de séquences ADN impossibles à relier à des micro-organismes connus. « On a des trous dans la connaissance et le seul moyen de les combler, c’est d’avoir les microbes, savoir les cultiver et avoir leurs génomes complets. Les bactéries incultivables, ça n’existe pas, insiste le professeur Raoult. Faire de la microbiologie sans microbe, c’est un fantasme », et ce travail est l’occasion de rendre ses lettres de noblesse à la culture des microbes.

Depuis 2012, sur les paillasses marseillaises a émergé le concept de microbial culturomics, qui permet de faire de la culture à haut débit en faisant varier jusqu’à 200 paramètres (températures, acidité, salinité, taux d’oxygène…) pour faire « pousser » un maximum de micro-organismes contenus dans des échantillons provenant du tube digestif (selles, estomac, intestin grêle, côlon). Ensuite, quand les colonies sont formées, elles passent au Maldi-Tof. Késako ? C’est l’appareil fétiche du laboratoire qui fait appel à la spectrométrie de masse pour identifier les bactéries rapidement et à bas coût.

Microbiote

« Cultiver les bactéries en masse, par culturomics, avec une telle énergie, il n’y a que nous qui le faisons. C’est pourquoi on découvre tant de nouvelles bactéries » , explique Sokhna Ndongo. Grâce à cette méthode, l’équipe de Raoult a en effet pu cultiver 1 170 espèces différentes, dont 247 entièrement nouvelles, désormais disponibles pour la communauté scientifique.

« C’est primordial de disposer des bactéries pour vérifier un lien de causalité entre elles et une maladie. Les chercheurs pourront tester leurs hypothèses, se félicite Raoult. Et puis, il nous faut bien les microbes si l’on veut reconstituer les flores malades avec des probiotiques, on ne va quand même pas faire des greffes fécales toute notre vie ! » Sans compter que « les nouvelles bactéries sont une mine d’or. Chacune produit quelque chose qui peut nous servir, comme des antibiotiques. Les cultiver permettra de tester leur intérêt thérapeutique, c’est elles qui détiennent les traitements de demain » , note Maryam Tidjani Alou.

On retrouve cette dernière à la salle de conférence pour la présentation de sa thèse. Perchée sur des talons de 12 centimètres, vêtue d’un ensemble aux imprimés africains, fines nattes sur la tête, la chercheuse fait face au jury. Sokhna Ndongo, au premier rang, l’encourage, tout comme sa famille venue de toute la France et même du Niger. Du bout des doigts, sa mère lui dépose un signe de croix sur le front pour lui porter chance. Pas vraiment utile, car elle a déjà à son palmarès 21 publications dans des revues internationales – impossible de passer à côté du doctorat. « La quantité de travail est impressionnante. Je n’ai jamais été jury d’une thèse avec un nombre d’articles si important », souligne Philippe Gérard, spécialiste du microbiote à l’Inra de Jouy-en-Josas. Et Didier Raoult de poursuivre : « Maryam, c’est déjà une star du microbiote. Elle fait partie des plus brillants étudiants que j’ai eus en trente ans. Tout le monde va se l’arracher. » Une bonne prémonition. « Si le Niger ne vous récupère pas, on vous attend au Mali », s’est empressé de préciser le professeur Ogobara Doumbo, un spécialiste mondial du paludisme, aussi dans le jury.

« Bébés Urmite »

En attendant, Maryam Tidjani Alou, qu’on peut désormais appeler « docteur », a choisi de rejoindre l’équipe de Laurence Zitvogel, médecin chercheuse star de l’immunothérapie du cancer à l’Institut Gustave-Roussy, à Villejuif. Sokhna Ndongo présentera sa thèse en 2018, bien décidée à faire mieux que Maryam : « Vingt et une études, ce n’est pas assez, j’en veux plus ! » Toutes les deux partagent un souhait : transférer leurs connaissances en Afrique et devenir patronnes de « bébés Urmite » au Sénégal et au Niger.